给海基会办理公证的流程如下：选择公证处找到具有涉台资质的公证处。告诉公证员文件将在中国台湾使用。准备材料提供需要公证的相关证明材料。如果是涉台亲属关系公证等，可能需要其他相关证明文件。办理公证书亲自前往公证处办理公证书，需要携带相关原件。也可以选择线上办理的方式，提供扫描件即可，相对方便且节约时间。