国税开户录入指纹的主要目的是为了 有效防范涉税风险，保护纳税人的合法权益。通过指纹识别系统自动识别确认办税人身份，从而确保办理涉税事项的安全性。具体原因包括：防范冒领发票、虚开发票等风险：指纹实名办税利用人体指纹唯一性的特点，有效避免了身份冒用和虚假信息注册公司等行为，降低了这些违法行为的发生概率。